Markus Sepperer studierte am Landeskonservatorium Klagenfurt (Prof. Michael Turnovsky), am Mozarteum Salzburg (Prof. Lothar Koch), an der Hochschule für Musik Leipzig (Prof. Christian Wetzel) und an der Royal Academy of Music in London (Prof. Douglas Boyd, Prof. Celia Nicklin). Zusatzstudien in freier Improvisation, regelmäßige Beschäftigung mit elektronischer Klangproduktion sowie Meisterkurse an der internationalen Ensemble Modern Akademie vertieften seine Ausbildung in zeitgenössischer Musik.
Darüber hinaus studierte er auch Fotografie, wobei seine Arbeiten bereits in Hongkong, Macau, Peking, Hefei, Köln, Belgrad und Wien ausgestellt wurden.
Markus Sepperer ist seit 2007 Mitglied im œnm . œsterreichisches ensemble fuer neue musik und spielt darüber hinaus regelmäßig mit dem Klangforum Wien, dem Ensemble Phace und dem Ensemble XX. Jahrhundert. International arbeitete er mit dem Hong Kong New Music Ensemble und dem Solistenensemble Kaleidoskop zusammen. Als Orchestermusiker spielte er mit dem Symphonieorchester Vorarlberg, dem Kärntner Symphonieorchester und dem RSO Wien.
Markus Sepperer ist Preisträger des Kärntner Landesförderungspreis für Musik.
